亞東紀念醫院為醫療財團法人徐元智先生醫藥基金會(以下簡稱基金會)附設醫院，本院訂有會計制度，並依據醫療財團法人財務報告編製準則處理相關業務。各單位均依全院年度發展方向，擬定單位年度工作計畫及相關預算，各單位預算皆於預算審查小組會議中審查，並訂定營運預算目標。年度預算及結算損益表皆提報董事會，根據基金會董事會通過之年度預算目標值，訂為全院工作計畫目標，每月監測其追蹤執行結果及成效。

2017年底總負債佔總資產比率11.5%，且總負債中無計息負債，交易記錄依據相關規定執行內控機制，財務狀況健全。集團聯稽組每年不定期抽查醫院作業系統及帳務處理，年度會計師事務所經查核並依據調整分錄修正相關會計事項及作業方式，持續進行追蹤修正。基金會於每年五月底前召開董事會，承認前一年經會計師查核財務報告，依醫療法34條第2項向衛福部申報年度財務報告，衛福部針對會計師查核報告書提出審查意見修正相關機制及財務報告表達內容改進事項，另每三年透過衛福部委員訪視基金會董事會運作及會計師查核報告書內容實際改進結果。

依據相關規定執行內控機制

近 10 年儀器設備平均年資本支出約為 314 佰萬元，其中近 5 年資訊設備佔 17%， 以期達成優化流程作業，降低醫護人員作業時間，提升病人安全與節能減碳，共同創造低碳永續家園，實現企業社會責任。

基金會為達永續經營的理念，於 2009 年 9 月提供本院百億資金的專案二期擴建預算 ( 不含上述資本支出金額 )，以期能達到縮小當時台北縣市醫療資源之城鄉差距、堤供本院主要服務區人口快速成長醫療需求並配合國家政策增加精神病床等，1998 年至2017 年醫務毛收入成長趨勢 。

1998年至2017年醫務毛收入成長趨勢圖

本院醫務收入包含門急診收入、住院收入及其他醫務收入、健保支付點值調整、健保核減調整及醫療優待調整，醫務成本包含人事費用、藥品費用、醫材費用、教育研究發展費用、醫療社會服務費用、事務費用、管理費用以及折舊與租金等其他費用，2016-2017年簡易餘絀表如下表。

2016-2017年簡易餘絀表

在支出方面，本院歷年來依循醫療法第 46 條提撥年度醫療收入結餘的 10% 以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10% 以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。本院 2016 年及 2017 年投入教育研究發展費用分別為 243 佰萬元及297 佰萬元，該項費用金額佔醫療收入結餘比率分別為 73.6% 及 100.2%；投入醫療社會服務費用分別為 52 佰萬元及 47 佰萬元，該項費用金額佔醫療收入結餘比率分別為15.7% 及   15.9%，在具體施行政策中，較具代表性的案例為十年期回饋附近居民醫療優惠方案執行計畫 (2012 年 02 月 01 日至 2021 年 12 月 31 日止 )，係針對亞東紀念醫院附近 27 里，提供居民住院補助金 ( 病房差額費自付額八五折 ) 每年 150 萬元和低收入戶就醫優待 ( 門急診就醫免掛號費 ) 每年 50 萬元，為期 10 年共 2,000 萬元補助金。

在服務人次方面，2017年主要用於貧病個案及低收入戶等醫療費用補助、器官捐贈喪葬補助、急難救助共 6,405 人次、身心障礙鑑定工作 3,378 人次、輔具提供服務等 3,564 人次，有效連結資源舒緩家庭照顧者的負擔，維持家庭照護功能；安寧照護宗教師心靈輔導 1,045 人次、肌無力症等病友團體活動、精神科社會工作、早期療育工作20 場次 695 人次等，有助減輕病患憂慮與穩定持續的治療。相關費用非用於本機構相關人員；社區健康營造 24 場次 829 人次、士林區社區活動、獨居長者送餐、社區防癌篩檢 164 次 8,300 人次、防癌篩檢陽性個案數 363，陽性率約 8%、日間照護巡診、辦理健康醫學講座、社區講座 358 場次 37,097 人次，精神科家庭座談會、器官捐贈捐募活動 2 場次 306 人次、安寧緩和醫療 31 場次 3,512 人次等，增強民眾健康知能及意識。相關費用非用於本機構相關人員；志工養成訓練 3,020 人次及 10 場 916 人次、便利民眾就醫服務、交通便民服務 32,163  人次、衛教文宣費用等，建立醫療友善支持環境。相關費用非用於本機構相關人員；並連續三年提供貝里斯共和慢性病腎哀竭基礎防治體系建構醫療援助手術相關人員、差旅、醫材費用皆由本院支出。